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BBOmix:首个无监督生物表示学习超参数优化基准

BBOmix: A Tabular Benchmark for Hyperparameter Optimization of Unsupervised Biological Representation Learning

精选理由

做生物信息学或组学数据降维的团队,终于有了一个标准化的 HPO 测试场——BBOmix 帮你省去从头调参的试错成本,做自编码器研究的可以直接用它验证方法。

AI 摘要

BBOmix 是首个针对真实生物数据的无监督表示学习超参数优化(HPO)开源表格基准。它包含来自 TCGA 和 SCHC 数据集的 105,000 次评估,涵盖四种自编码器架构和七种多组学模态。该基准量化了重建损失与下游任务性能之间的相关性,并评估了多种 HPO 方法,为无监督生物表示学习研究建立了严格基线。

AI 翻译 · 中文

BBOmix 是首个针对真实生物数据的无监督表示学习超参数优化(HPO)开源表格基准。它包含来自 TCGA 和 SCHC 数据集的 105,000 次评估,涵盖四种自编码器架构和七种多组学模态。该基准量化了重建损失与下游任务性能之间的相关性,并评估了多种 HPO 方法,为无监督生物表示学习研究建立了严格基线。

arXiv cs.LGThe rapid advancement of high-throughput sequencing has led to large, high-dimensional omics datasets. Deep unsupervised learning architectures, particularly Autoencoders (AEs), are increasingly used for dimensionality r