PepALD:自回归潜在扩散模型生成大环肽

PepALD: Macrocyclic Peptide Generation via Autoregressive Latent Diffusion

精选理由

PepALD赋能大环肽设计

AI 摘要

PepALD是一种自回归潜在扩散基础模型,用于从头生成大环肽。该模型使用结构化学嵌入表示HELM单体,在化学信息潜在空间中通过上下文条件扩散生成每个残基。它能在自回归生成过程中预测R基团感知的环闭合,并通过获胜者保护的扩散适应偏好优化与亲和力奖励对齐。实验表明PepALD在生成质量和奖励优化上优于代表性肽生成基线。

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PepALD是一种自回归潜在扩散基础模型,用于从头生成大环肽。该模型使用结构化学嵌入表示HELM单体,在化学信息潜在空间中通过上下文条件扩散生成每个残基。它能在自回归生成过程中预测R基团感知的环闭合,并通过获胜者保护的扩散适应偏好优化与亲和力奖励对齐。实验表明PepALD在生成质量和奖励优化上优于代表性肽生成基线。

arXiv cs.LGMacrocyclic peptides are promising therapeutic candidates for intracellular targets, but their design requires simultaneous control over non-natural monomer chemistry, ring topology, membrane permeability, and target bin