7月21日
11:50
11:50官方账号arXiv cs.LG@Thomas MacDougall, Maksim Kuznetsov, Roman Schutski, Rim Shayakhmetov, Maxim Malkov, Vladimir Aladinskiy, Alex Aliper, Alex Zhavoronkov
结构药物设计(SBDD)利用蛋白质靶标3D结构生成候选分子,扩散模型是主流方法。本工作引入3D-Fit基准测试,评估LLM在多约束空间分子生成中的表现,包括蛋白口袋、锚定片段、药效团点及口袋-配体相互作用。结果显示,LLMs虽落后于专用扩散模型,但能同时处理多种空间约束,展现出可扩展的潜力。
推荐理由:这篇论文系统测了GPT等LLM在3D分子生成上的表现,发现它们虽不如专用扩散模型,但能同时处理多种约束,值得关注。
7月2日
12:10
6月12日
13:46
13:46官方账号arXiv cs.LG@Paul Seij, Christian A. Naesseth, Stephan Mandt, Metod Jazbec
扩散模型在3D分子生成中广泛应用,但缺乏对生成分子质量的可靠信号。研究者提出一种后处理方法,基于拉普拉斯近似对预训练分子扩散模型进行逐样本不确定性估计。该方法通过测量生成轨迹中噪声预测的变异性来评估不确定性,实验表明该分数与样本质量负相关。利用该分数过滤生成样本,可在测试时提升模型性能。
推荐理由:做分子生成或药物设计的团队,终于有了一个能判断生成分子质量好坏的信号,建议试试这个后处理方法,能直接提升模型输出质量。