11:50官方账号arXiv cs.LG@Thomas MacDougall, Maksim Kuznetsov, Roman Schutski, Rim Shayakhmetov, Maxim Malkov, Vladimir Aladinskiy, Alex Aliper, Alex Zhavoronkov结构药物设计(SBDD)利用蛋白质靶标3D结构生成候选分子,扩散模型是主流方法。本工作引入3D-Fit基准测试,评估LLM在多约束空间分子生成中的表现,包括蛋白口袋、锚定片段、药效团点及口袋-配体相互作用。结果显示,LLMs虽落后于专用扩散模型,但能同时处理多种空间约束,展现出可扩展的潜力。论文LLM3D-FitSBDD推荐理由:这篇论文系统测了GPT等LLM在3D分子生成上的表现,发现它们虽不如专用扩散模型,但能同时处理多种约束,值得关注。原文稍后读已读值得跟进有用关注 LLM
12:10官方账号arXiv cs.LG@Miruna Cretu, John Bradshaw, Patricia Suriana, Saeed Saremi, Omar Mahmood, Kirill Shmilovich, Kangway Chuang, Vishnu Sresht, Colin GrambowSynLaD是一个潜在扩散框架,用于小分子生成,统一了配体药物设计目标(做什么)与合成可行性(怎么做)。它通过学习一个潜在空间来解码3D结构和合成路径,结合了反应约束生成和药效团条件3D设计。在生物活性配体的类似物生成任务中,SynLaD在可合成性和多样性上优于现有基线,能产生形状对齐的分子并附带可行合成方案。AI模型SynLaD分子生成药物设计推荐理由:SynLaD同时搞定分子设计和合成路线,比以往只顾一头的模型更实用。原文稍后读已读值得跟进有用关注 SynLaD
13:46官方账号arXiv cs.LG@Paul Seij, Christian A. Naesseth, Stephan Mandt, Metod Jazbec扩散模型在3D分子生成中广泛应用,但缺乏对生成分子质量的可靠信号。研究者提出一种后处理方法,基于拉普拉斯近似对预训练分子扩散模型进行逐样本不确定性估计。该方法通过测量生成轨迹中噪声预测的变异性来评估不确定性,实验表明该分数与样本质量负相关。利用该分数过滤生成样本,可在测试时提升模型性能。论文扩散模型分子生成不确定性估计推荐理由:做分子生成或药物设计的团队,终于有了一个能判断生成分子质量好坏的信号,建议试试这个后处理方法,能直接提升模型输出质量。原文稍后读已读值得跟进有用关注 扩散模型