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Nucleotide Transformer

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7月20日
09:45
09:45官方账号arXiv cs.LG@Claudia Skok Gibbs
基因调控网络(GRN)从全基因组数据重建面临模型选择启发式、评估参考不完整、先验知识跨物种迁移难等挑战。PMF-GRN将GRN推理转化为概率图模型,通过变分推理实现原理性模型选择和不确定性感知的边估计。GLM-Prior微调预训练Nucleotide Transformer,直接从核苷酸序列预测转录因子-靶基因相互作用,并在酵母、小鼠和人类数据上验证泛化能力。两者结合形成双阶段视角:序列先验提供可迁移初始骨架,概率推理以量化不确定性精调调控估计。
论文PMF-GRNGLM-PriorNucleotide Transformer

推荐理由:想搞基因调控网络但被跨物种问题卡住?这论文用序列预测加概率精修,直接解决迁移和不确定性问题,值得做计算生物学的看看。
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